Согласно подпункту 1 пункта 2 статьи 211 НК к доходам, полученным физлицом в натуральной форме, относится, в частности, оплата (полностью или частично) за него организациями товаров (работ, услуг) или имущественных прав, в том числе коммунальных услуг, питания, отдыха, обучения в интересах налогоплательщика.
Таким образом, оплата организацией за своих сотрудников стоимости проезда от места жительства до места проведения обучения, проживания в месте проведения обучения, производимая в соответствии с ученическим договором, является их доходом, полученным в натуральной форме.
Кроме того, доходы сотрудника организации в виде денежных средств, выданных организацией для оплаты им проезда и проживания также подлежат обложению НДФЛ в установленном порядке.
Данный порядок налогообложения не зависит от того, отчитался сотрудник организации о направлениях расходования данных денежных средств или нет. Вместе с тем в случае, если сотруднику организации сначала были выданы денежные средства на оплату стоимости проезда к месту обучения, а затем указанные средства были удержаны работодателем из доходов сотрудника, дохода, подлежащего обложению НДФЛ, в таком случае не возникает.